SSBD:database

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SSBD:repositoryの使い方

プロジェクト一覧の表示

登録されたプロジェクトの一覧を、Resourcesから見ることができます。 絞り込み検索も可能です。

検索

SSBD:repositoryではメタデータの検索システムを提供しています。

SSBD:repositoryのデータは、著者から提供されたフォルダ構造を再現しています。 プロジェクトは、主に論文ごとの分類で、複数のフォルダを含みます。

検索のためのキーとして以下が利用可能です。

  • Organism（生物種）
  • Project ID（プロジェクト名）
  • Title, Description
  • Person（Contactあるいはデータの提供者）
  • Method Summary（実験内容の説明、あるいは文献情報）
  • Paper Information（関連論文のタイトル、著者、概要、MeSHオントロジー）

検索は、検索語そのものがメタデータに含まれるかを調べています。

画像の表示

SSBD:repositoryでは一部の顕微鏡画像のプレビューおよびメタデータの確認にOMERO.webシステムを利用しています。 OMERO.webの利用方法の詳細はOMEROのdocumentを参照してください。

  • OMERO.gellery ギャラリー風に表示されます。データを一覧で眺めるのにはこちらが適しています。

  • OMERO.index より詳細な情報が表示されます。画像の詳細を確認するにはこちらが適しています。
    • 左ペイン プロジェクト一覧、データセット一覧
    • 中ペイン データセットに含まれる顕微鏡画像一覧
    • 右ペイン 選択したプロジェクト、データセット、画像の詳細なメタデータ

ダウンロード

SSBD:repositoryではバイオイメージングデータおよび周辺データのダウンロードを可能としています。 個々のファイルあるいはzip形式でダウンロード可能です。

SSBD:databaseの使い方

プロジェクト一覧の表示

登録されたプロジェクトの一覧を、Resourcesから見ることができます。 絞り込み検索も可能です。

検索

SSBD:databaseではメタデータの検索システムを提供しています。

SSBD:databaseのデータは、構造化されています。 プロジェクトは、主に論文ごとの分類で、複数のデータセットを含みます。 データセットは、生物種・実験条件・顕微鏡の設定・データフォーマットごとの分類で、複数の画像を含みます。 プロジェクト単位での検索は「Project search」から可能です。 データセット単位での検索は「Dataset search」から可能です。

検索のためのキーとして以下が利用可能です。

  • Organism（生物種）、Strain、Cell Line（細胞株）
  • Gene symbol（遺伝子名）、Protein name（タンパク質名）、Protein Tag、Reporter
  • Project ID（プロジェクト名）、Dataset ID（データセット名）
  • Title、Description、Data Type、
  • Gene Ontology（Biological Process, Molecular Function, Cellular Component）
  • Method Summary（実験内容の説明、あるいは文献情報）
  • Paper Information（関連論文のタイトル、著者、概要、MeSHオントロジー）
  • Medical Subject Headlines（MeSHオントロジー）
  • Person（Contactあるいはデータの提供者）

検索は、検索語そのものがメタデータに含まれるかを調べています。

表示

SSBD:databaseでは顕微鏡画像のプレビューおよびメタデータの確認にOMERO.webシステムを利用しています。 OMERO.webの利用方法の詳細はOMEROのdocumentを参照してください。

  • OMERO.gellery ギャラリー風に表示されます。データを一覧で眺めるのにはこちらが適しています。

  • OMERO.index より詳細な情報が表示されます。画像の詳細を確認するにはこちらが適しています。
    • 左ペイン プロジェクト一覧、データセット一覧
    • 中ペイン データセットに含まれる顕微鏡画像一覧
    • 右ペイン 選択したプロジェクト、データセット、画像の詳細なメタデータ

可視化

SSBD:databaseでは生命動態定量データを可視化できます。 webbd5viewerの利用方法の詳細はマニュアルを参照してください。

ダウンロード

SSBD:databaseでは顕微鏡画像のオリジナルデータをダウンロード可能としています。 zip形式でダウンロード可能です。

SSBD:databaseでは生命動態定量データをBDML/BD5フォーマットでダウンロード可能としています。 zip形式でダウンロード可能です。 ダウンロードされたデータは、QTBD5viewer等で可視化が可能です。