331-Shimojo-MouseBrainAnatomicalRegion

Project

Title
Semantic segmentation data of eight anatomical regions for mouse brain slices with neurogenic-tagged neurons from NeuroGT database
Description
License
CC BY
Released at
Dec. 24, 2023, midnight
Updated at
Funding
# of image datasets
84

Papers

Papers
Paper information: Shimojo,Yuki, Suehara,Kazuki, Hirata,Tatsumi, Tohsato,Yukako (2024) Segmentation of Mouse Brain Slices with Unsupervised Domain Adaptation Considering Cross-sectional Locations, IPSJ Transactions on Bioinformatics, Volume 17, Number , 33-39,
DOI: https://doi.org/10.2197/ipsjtbio.17.33,

Contacts

Contacts
Yukako Tohsato (Contact) , Faculty of Information Science and Engineering , Ritsumeikan University
Yuki Shimojo (Image dataset contributor)
Kazuki Suehara (Image dataset contributor)
Tatsumi Hirata (Image dataset contributor)
Yukako Tohsato (Image dataset contributor)

Biosamples

Organisms
Mus musculus (NCBI:txid10090)
Strains
C57BL/6 neuroG2^{CreER}(G2A); Tau^{mGFP-nLacZ}
C57BL/6 Neurod4^{CreER}(D4A); Tau^{mGFP-nLacZ}
C57BL/6 Neurog1^{CreER}(G1C); Tau^{mGFP-nLacZ}
C57BL/6 Neurod1^{CreER}(D1B); Tau^{mGFP-nLacZ}
Cells
Cell lines
NA

Anatomical information

UBERON
Anatomical entities

Gene ontology

GO: Biological processes
nervous system development (GO:0007399)
GO: Cellular components
neuron projection (GO:0043005)
plasma membrane (GO:0005886)
GO: Molecular functions

Molecular biological information

Gene names
Protein names
Genetic methods
Protein tags
Probes
Oligo Primer
Genotype

Reagent or Compound

Reagent or Compound
Concentration
Fold Dilution

Imaging information

Dimensions
X scales
1.0 micrometer/pixel,
Y scales
1.0 micrometer/pixel,
Z scales
20 micrometer/slice,
T scales
NA,
Channels
,

Biological Imaging Methods Ontology

Microscopy types
Detection methods
Visualization methods
Illumination methods
Sources of contrast
Contrast enhancing methods
Resolution enhancing methods
Imaged parameters
Sample preparation methods

Instruments

Datasets

Dataset name
Organism
Gene / Protein
Dimensions
File size
SSBD:OMERO
Download
Mus musculus (NCBI:txid10090)
623230639
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
654833975
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
599207960
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
534931976
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
593426260
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
588725080
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
687545192
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
666869192
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
609150964
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
640777176
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
609328500
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
607317112
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
632668936
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
615615628
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
816776504
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
705096888
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
742780244
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
734578276
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
665630722
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
665704090
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
687720363
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
687517623
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
725658195
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
728629215
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
603001196
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
600096352
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
685035672
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
658768048
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
643463672
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
624416048
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
798439452
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
777682056
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
595040424
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
607892128
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
551666920
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
542979920
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
700740312
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
684869184
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
540600712
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
547357140
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
716389526
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
693129526
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
745254871
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
671322859
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
750323776
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
746992344
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
575617636
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
586938700
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
583019200
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
577629992
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
719953872
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
703677740
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
644451368
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
666679572
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
679953172
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
632715400
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
643468384
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
644500492
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
630160860
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
606210932
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
746166706
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
773035926
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
701277471
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
689245787
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
663725272
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
621690992
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
658894636
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
621910860
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
788338140
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
750816056
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
747316760
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
792970596
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
699119004
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
666023388
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
757802176
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
741888412
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
735438492
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
719845676
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
736735280
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
725653748
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
778533152
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
758889004
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
590494994
zip
Mus musculus (NCBI:txid10090)
602031366
zip