SSBDについて
SSBDとは?
SSBDは、バイオイメージングデータの共有と再利用のためのプラットフォームです。 SSBDは、公共リポジトリ SSBD:repositoryと高付加価値（Added-Value）データベースSSBD:databaseからなります。
SSBD:repositoryは論文の投稿時や出版時に、あらゆる種類のバイオイメージングデータと周辺データを受け入れ、公開するリポジトリサービスです。 利用に当たり料金は不要です。容量の制限はありませんが、テラバイトを超える容量の場合はあらかじめご相談ください。 論文に対応するプロジェクトごとのDOIを発行しています。 データの共有を希望される場合にはShare your dataをご参照ください。
SSBD:databaseは論文の出版時や出版後に、再利用性の高いバイオイメージングデータと生命動態定量データを、 キュレーターが選択し、豊富なメタデータとともに共有する高付加価値データベースです。 当方のキュレーターよりデータの共有についてメール等でご連絡申し上げます。 SSBD:databaseでのデータの共有を希望される場合にはご相談ください。
SSBDでは、共有されたバイオイメージングデータの検索、プレビュー、ダウンロードが可能です。 ダウンロード可能なデータは、再解析や再現のために、できる限り撮影時の状態に近いデータとしています。 画像の登録の際のポリシーについてはImage submission guidelinesをご参照ください。 そのため、顕微鏡から出力されるフォーマットで共有されている場合があります。 SSBDでは顕微鏡画像のプレビューおよびメタデータの表示にSSBD:OMEROシステムを利用しています。
SSBDでは一部のメタデータについてRESTful APIでのアクセスを提供しています。
SSBDでは、共有された生命動態定量データの検索、可視化、ダウンロードが可能です。 生命動態定量データの登録の際のポリシーについてはQuantitative data submission guidelinesをご参照ください。 ダウンロード可能なデータは、再利用のために、BDML/BD5 formatで提供しています。 SSBDでは生命動態定量データのプレビューおよびメタデータの表示にwebbd5viewerシステムを利用しています。 SSBDに登録されたBDML/BD5データについては、XML形式の取得とHDF5 APIでのアクセスを提供しています。
SSBDでは一部のメタデータについてRDFによるデータを提供しています。 RDFデータはRiken MetaDatabaseおよびNBDC RDF Portalからも参照可能です。
SSBDのより詳しい情報については、以下の論文を参照ください。
Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Koji Kyoda, Shuichi Onami (2016)
SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena,
Bioinformatics, Volume 32, Issue 22, 15 November 2016, Pages 3471–3479,
10.1093/bioinformatics/btw417
関連論文はpublicationsからご参照ください。
SSBDメタデータ
SSBDでは独自のメタデータとともにデータを共有しています。
- SSBD metadata v1 - BDML metadataを基本とし、データセットごとに画像情報、顕微鏡情報、Gene ontologyなどの情報を付与しています
- SSBD metadata v2 - SSBD metadata v1に加えて、プロジェクト情報、より詳細な画像情報オントロジー、Gene ontology、MeSH term ontologyなどを付与しています。一部、遺伝子情報およびタンパク質情報を付与しています。
- SSBD metadata v3 - SSBD metadata v2に加えて、REMBIに準拠し、遺伝子情報、タンパク質情報、詳細な顕微鏡商法、より詳細な実験オントロジーやtreatmentオントロジー等を付与しています。
現在、SSBD:databaseおよびSSBD:repositoryでは SSBD metadata v2 にもとづいたメタデータを提供しています。
データの収集においては、SSBD metadata v3の利用を開始しており、SSBD metadata v3によるメタデータの提供を開始する予定です。
SSBDの実際のメタデータについては SSBD metadata を参照ください。
これまでの経緯
SSBDデータベースは、国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） / バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）の ライフサイエンスデータベース統合化推進事業の一環として、2013年に開発・運営を開始しました。 当初は、「生命動態システム科学のデータベースの統合化」プロジェクトとして、 生命動態定量データと解析前の顕微鏡画像を共有するデータベースでした。
2015年より、「生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベース」プロジェクトとして、 生命動態定量データをともなわない顕微鏡画像のみの共有や、 論文出版前の生命動態定量データや顕微鏡画像を共有するリポジトリサービスを開始しました。
2019年より、SSBDデータベースを リポジトリサービス SSBD:repository と、高付加価値データベース SSBD:database の2つのサービスに再編し、 バイオイメージングデータのエコシステムを実現するプラットフォームとしました。
2022年より、「バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有システムの構築」プロジェクトとして、 欧州のIDR（Image Data Resource）、BIA（BioImage Archive）との連携を中心に、 全世界的なメタデータの共有およびデータの相互互換に取り組んでいます。
2024年より、Europe Horizonの助成による foundingGIDE プロジェクトとして、 日欧豪の生命科学データおよび医療前データの主要な共有プラットフォームの1つに位置づけられています。
研究助成
本データベースは、以下の支援を受けて開発されています。
- 国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部 ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）JPMJND2201
- Europe Horizon foundingGIDEプロジェクト
- 理化学研究所
- 科学技術振興機構・戦略的創造研究推進事業（CREST）。
- 文部科学省・科学研究費補助金（KAKENHI）
共同研究
本データベースでは、以下のプロジェクトと共同し、データの受け入れやデータポータルを運営しています。
- CREST多細胞領域 多細胞間での時空間的相互作用の理解を目指した定量的解析基盤の創出 プロジェクト (Data portal)
- 科研費・新学術領域シンギュラリティ生物学プロジェクト (Data portal)
姉妹データベース
本データベースでは、以下の関連データベースを運用しています。 いずれもSSBD:repositoryおよびSSBD:databaseを画像共有の基盤とし、詳細なメタデータや可視化システムにより高付加価値データベースとしたものです。
統計情報
（2024-10-03 現在）
OME-NGFF/OME-Zarr
SSBDでは、OME-NGFF/OME-Zarrプロジェクトにコミットしており、一部のデータについてOME-Zarr形式での提供を開始しています。 SSBD OME-NGFF Samplesを参照ください。
BDML/BD5
SSBDでは、BDML/BD5形式での生命動態定量データの提供を行っています。 BDML/BD5についてはBDML/BD5 formatを参照ください。